Under sommaren 1999 provfiskade Fiskeriverkets Sötvattenslaboratorium 39 geografiskt väl spridda sjöar runt om i landet, från Abiskojaure i norr till Brunnsjön i söder. Provfisket genomfördes på uppdrag av Naturvårdsverket inom ramen för nationell miljöövervakning och kalkeffektuppföljning. I det nationella kalkeffektuppföljningsprogrammet (IKEU) ingår 13 kalkade och 8 okalkade, sura eller neutrala, sjöar. Syftet med undersökningarna är att följa kalkningens långsiktiga effekter och bedöma om sjöarnas fiskfauna återfår sin naturliga status. I det nationella miljöövervakningsprogrammet ingår 7 sjöar med årliga provfisken och 16 sjöar som provfiskas vart 3:e år. Programmet syftar till att följa utvecklingen i lokalt opåverkade sjöar för att bedöma övergripande förändringar i fiskfaunan. Utöver dessa program har provfiske skett i fem sjöar som utgör recipienter för lakvatten från kommunala avfallsdeponier för att bedöma fisksamhällenas status i dessa. I de flesta kalkade sjöarna, förutom Gyslättasjön, har fiskbestånden normaliserats efter kalkning och de avvikelser i provfiskefångsterna som observerats i några kalkade sjöar har sannolikt andra orsaker än försurning. I de okalkade sjöarna som sedan lång tid är försurade är fiskbestånden fortfarande starkt påverkade av försurning. I några av dessa finns vissa tecken på att en återhämtning har börjat ske, sannolikt beroende på den minskade depositionen av försurade ämnen. I en sjö har rekrytering av braxen och sarv skett under de senaste åren och i en annan sur sjö håller ett fiskbestånd möjligen på att återetableras. I några av sjöarna fångades även fiskarter som inte fångats i respektive sjö vid tidigare provfisken, bland annat fångades sutare i en sjö och lake i en sjö. Resultaten från provfiskena i de fem sjöarna som utgör recipienter för lakvatten från kommunala avfallsdeponier visade att fisksamhällena i åtminstone två av sjöarna är kraftigt påverkade av miljöstörningar. Båda sjöarna uppvisade gravt utarmade fisksamhällen med få arter och individer. Fisksamhällena i två ytterligare sjöar visade tecken på förhöjd närsaltbelastning och indikationer på att det kan föreligga perioder med låg syrgashalt. Fisksamhället i den femte provfiskade sjön avvek inte från förväntat. Fångsten var emellertid relativt liten vilket kan tyda på att sjön är näringsfattig. Analysen av provfiskeresultaten i enlighet med Naturvårdsverkets bedömningsgrunder visade att sjöar som är påverkade av någon miljöstörning ofta avvek från det förväntade. En utvärdering av bedömningsgrundernas förmåga att upptäcka förändringar i miljön visar att fisksamhällen som bioindikator fungerar väl för att upptäcka miljöförändringar i en sjö. Det finns emellertid några svagheter i bedömningsgrunderna som måste beaktas vid analysen för att undvika att resultatet av ett provfiske feltolkas.