Djur och växter lämnar efter sig spår av DNA i miljön (eDNA, eller miljö-DNA) och genom dessa spår går det att kartlägga biologisk mångfald och förekomst av arter. Den ena delen av studien gjordes för att undersöka fisksamhället i Nissan och den andra för att se om vi kunde mäta förekomst av vattenpest och smal vattenpest i Emåns och Motala Ströms vattensystem. Fisksamhället undersöktes med hjälp av metabarcoding, där man enkelt uttryckt skannar vattnets samlade DNA-innehållet för ”alla” fiskarter. Vattenpestarterna eftersöktes med målartsanalys med hjälp av så kallade assays. Det är en känsligare metod som kan upptäcka mindre mängder DNA och är säkrare än metabarcoding.

I uppdraget ingick också att utveckla och testa en så kallad assay för vattenpest och smal vattenpest. I det här sammanhanget kan en assay förklaras som en artspecifik identifieringsmetod baserad på DNA från arten som sedan ska eftersökas.

17 fiskarter kunde identifieras i Nissan efter matchning av DNA-sekvenser mot speciella referensbibliotek inriktade mot fisk. Dock kan förekomst av arter representerade med väldigt få sekvenser vara osäker och 12 av de 17 bedöms som säkra förekomster, samtliga dessa är vanliga, inhemska arter.

De publicerade assayerna för de två arterna vattenpest var inte helt artspecifika (gav svag signal även för den andra arten), därför analyserades alla prover med assayerna för bägge arterna. Vattenpest kunde bara identifieras i ett fåtal vattenprover. Tekniken för eDNA och övervakning av vattenpest behöver utvecklas och testas mer, till exempel utreda vid vilken tidpunkt på året som proverna bäst tas och på vilket sätt.