Projektet ”Basinventering av Natura 2000 och skyddade områden” pågick under perioden 2004-2008 med syfte att samla in information om naturtyper, strukturer, funktioner och arter i Sveriges Natura 2000 samt skyddade områden. Data som har samlats in ska vara av sådan kvalitet att de kan användas till att: • formulera tydliga och uppföljningsbara mål på objektnivå i bevarandeplaner för Natura 2000 områden och skötselplaner för skyddade områden, enligt definitionen av gynnsam bevarandestatus. • utgöra grunden för löpande uppföljning och utvärdering för rapportering enligt artikel 17 i art- och habitatdirektivet (EEG 92/443) till EU-kommissionen. Arbetet styrdes genom en projektplan som uppdaterades årligen. Processen för genomförandet innehöll följande övergripande delar: • Geografiskt underlagsmaterial för inventeringen. Beroende på områdets karaktär, storlek och befintligt kunskapsunderlag bestod utgångsmaterialet av en flygbildstolkning gjord inom projektet, kartmaterial sammanställt från Lantmäteriets databaser, data från våtmarksinventeringen samt ängs- och betesmarksinventeringen eller länsstyrelsernas eget material. • Planering och genomförande av inventeringar i fält. Respektive länsstyrelse hade i uppdrag att planera och genomföra fältinventering för varje område. Vilka inventeringar som ingick beskrevs i manualer som var uppdelade naturtypsvis. • Planering och genomförande av artinventeringar. ArtDatabanken gjorde sammanställningar av befintliga inventeringar för de arter som ingår i art- och habitatdirektivets bilaga 2. Utifrån befintligt kunskapsunderlag planerades och genomfördes kompletterande inventeringar. Lunds universitet tog fram ett förslag till inventering av fåglar (de arter som ingår i Fågeldirektivet, 79/409 EEG, bilaga 1) och ansvarade för genomförandet av inventeringar. • Datalagring av resultatet. Insamlade uppgifter lagrades i databaser hos Naturvårdsverkets datavärdar eller i de databaser som togs fram inom projektet. Geografiska avgränsningar av naturtyperna kontrollerades och redigerades via ett centralt system, BIDOS. • Rapportering De organisationer som hade uppdrag inom basinventeringen rapporterade regelbundet till Naturvårdsverket. Naturvårdsverket tog fram årliga statusrapporter samt två avslutande projektrapporter. Inom projektet skedde en omfattande beställning av flygbilder och flygbildsfotografering, utveckling av IT-stöd för central hantering av resultatet samt utbildningar i artkunskap, inventeringsmetodik och GIS/IT-hantering. Projektet genomfördes av Naturvårdsverket genom uppdrag och beställningar till Länsstyrelserna, Lantmäteriet, Sveriges lantbruksuniversitet (SLU), ArtDatabanken och flera konsultföretag.