Hösten 2000 genomfördes en landsomfattande inventering av vattenkvaliteten i cirka 3000 sjöar och 600 vattendrag. Liknande inventeringar har skett i Sverige 1972, 1985, 1990 och 1995. Totalt omfattades 174 provtagningar i 145 sjöar och 29 vattendrag inom Jönköpings län under hösten 2000 och vintern 2001. Lokalerna är delvis slumpvis utvalda och ger en överblick av tillståndet i länets ytvatten. Vattenkemiska parametrar (pH, alkalinitet, ledningsförmåga, dominerande joner, totalt organiskt material och näringsämnen) analyserades i samtliga sjöar och vattendrag medan metaller analyserades i 31 sjöar. Syftet med riksinventeringen är att ge en överblick av det samlade beståndet av svenska sjöar och vattendrag samt dess påverkan av försurning, övergödning och förekomst av metaller. I ett regionalt perspektiv kan undersökningsresultaten även användas som referens för andra undersökningar samt för att karakterisera olika sjö- och vattendragspopulationer. Resultaten har utvärderats enligt Bedömningsgrunder för miljökvalitet, sjöar och vattendrag (Naturvårdsverket 1999). Även resultaten från tidigare inventeringar har bedömts enligt de nyaste bedömningsgrunderna för att kunna jämföra värden och se utvecklingen genom åren.