Länsstyrelserna har av Naturvårdsverket och Havs- och vattenmyndigheten fått i uppdrag att revidera den regionala miljöövervakningen och ta fram nya reviderade program för åren 2021-2026. Den statligt finansierade miljöövervakningen omfattar en nationell och en regional nivå. Naturvårdsverket har ett övergripande samordningsansvar för miljöövervakningen på dessa nivåer. Den nationella övervakningen drivs av Naturvårdsverket och/eller Havs och vattenmyndigheten medan den regionala delen består av länsvisa samordnade program. Länsprogrammet innehåller åtta programområdena; Landskap, Jordbruksmark, Skogsmark, Sötvatten, Våtmark, Luft, Hälsorelaterad övervakning och Miljögiftssamordning. Totalt planeras övervakning inom 31 delprogram, några av dem finansieras inte via regionala miljöövervakningsmedel Den övergripande ambitionen har varit att skapa en meningsfull miljöövervakning inom samtliga programområden som berör Jönköpings län. Gemensamma delprogram har prioriterats det vill säga delprogram i vilka flera länsstyrelser verkar tillsammans. Det är kostnadseffektivt vid genomförandet och möjliggör också gemensamma utvärderingar. Även samverkan och samordning med nationell miljöövervakning har eftersträvats.