Vädrets inverkan på vattenmiljön är stor. Mer regn ger högre flöden och utflödet av försurande ämnen ökar från omgivande marker. Under 2013 var nederbörden 20 % lägre och temperaturen 0,7 °C över det normala. De största högflödena inföll under januari och december. Årsmedelflödet för Lagan var två tredjedelar av medelflödet för åren 1981 till 2010.

Nedfallet av svavel i Jönköpings län har minskat med 90 % jämfört med i slutet av 1980-talet. För nedfall av kväve och för pH i markvattnet märks ännu inga förbättringar. I takt med att nedfallet av svavel minskat så har skogsbrukets roll ökat i betydelse. Skogsbrukets bidrag till försurning i granskog beräknas till 30 - 70 %. Påverkan blir större om inte bara stammar utan även grenar, toppar och barr tas bort.

Under 2013 spreds 9 970 ton kalk i Jönköpings län, vilket är en minskning med 42 procent jämfört med snittet för 1997- 1999. 62 % av kalken spreds på våtmark, resten var sjökalkning. Den genomsnittliga prishöjningen var cirka 3 procent.

Den vattenkemiska måluppfyllelsen har undersökts på 380 lokaler i länet. Målet var uppfyllt i 83 % av vattendragens längd och 96 % av den sjöyta som undersökts. Måluppfyllelsen för den biologiska effektuppföljningen var uppnådd i 76 % av vattendragens längd och 53 % av undersökt sjöyta. Under 2013 har totalt 37 bottenfaunalokaler, 1 mussellokal, 13 kräftlokaler, 70 elfiskelokaler och 24 nätprovfiskesjöar undersökts.

Arbetet med biologisk återställning görs för att de arter som försvunnit eller minskat i antal på grund av försurning ska kunna återkomma. Under 2013 har det pågått arbete med omlöp i både Knipån (Gäbo såg) och Rödån (Västra kvarn). I Gnyltån (Emån) har det tagits bort vandringshinder liksom i Hjorsetån. En damm har rivits ut i Långarumsbäcken. Förstärkningsutsättning av öring har gjorts i samma bäck. I Samseydssjön har det satts ut fler flodkräftor.

Under 2013 utvärderades måluppfyllelse och effekter av kalkning under perioden 2010 till 2012 i Nissans, Vätterns tillflöden, Huskvarnaåns och Tidans avrinningsområden. Måluppfyllelsen är i stort sett oförändrad sedan förra utvärderingsperioden och ligger på 72 %.

Inom målvattendragsinventeringen görs försurningsbedömning av Sveriges alla kalkade målvattendrag under en sexårsperiod. Resultaten för norra Lagan visar att en stor del av målområdena inte längre är försurade eller behöver kalkas.

Under 2013 har alla större sjöar och vattendrag försurningsbedömts inom vattenförvaltningsarbetet Bedömningen visar att drygt 30 % av större sjöar och vattendrag i länet fortfarande är försurade. Störst är andelen försurade vatten i länets sydvästra del.

I Jönköpings län finns det sju stormusselarter. Flodpärlmusslan och den tjockskaliga målarmusslan tillhör de hotade arterna och följs därför upp kontinuerligt. Resultat från åren 1959 till 2013 har nu sammanställts och utvärderats.

Havs- och vattenmyndigheten har gjort en översyn av Jönköpings läns åtgärdsplan för kalkning 2011 – 2015. Några delar kan förbättras men sammantaget bedöms kalkningsverksamheten i Jönköpings län hålla en relativt bra kvalitet.