SMHI har i samarbete med Länsstyrelsen i västra Götaland implementerat Kustzonssystemet i Bohusläns skärgård. Arbetet har pga. av sin omfattning indelats i två etapper. Kustzonssystemet är ett integrerat modellsystem där belastningen på kusten från land och atmosfär fastställs m.h.a. modeller. Syftet med kustzonssystemet är att modellerna skall vara så enkla som möjligt, för att kunna skapa långa tidsserier, och samtidigt kunna beskriva miljötillståndet i skärgården tillräckligt väl så att modellsystemet kan användas för exempelvis scenarioberäkningar. Bohuskusten kännetecknas av ett, på sina håll, komplicerat fjordsystem. Kustzonsmodellen är en s.k. en-dimensionell modell, som löser upp modellvariablerna i djupled, men beräknar ett horisontellt medelvärde i sitt område. För att kunna lösa upp de horisontella gradienterna i området måste modellområdet delas in i flertalet delbassänger. Indelningen av Kustzonsmodellens delbassänger följer i stort sett SVAR-indelningen. Detta innebär att för den norra delen av skärgården består modellen av 30 delbassänger. I den södra delen har vissa förenklingar kunnat göras, och några havsområden har kunnat slås samman i modellen och behandlats som en delbassäng. Genom dessa sammanslagningar har den södra skärgården delats in i 27 delbassänger. Modellen har simulerat en längre tidsserie i båda områdena. Observationer i Skagerack och Kattegatt driver modellen från öppna havet. En omfattande validering av modellen har genomförts m.h.a. observationer från Bohuskustens kontrollprogram. Därefter har in- och utflöden beräknats i varje bassäng för såväl total-kväve som total-fosfor.