Slutsatser av undersökningen Märstaån är ett mycket förorenat vattendrag med osedvanligt höia näringsämneshalter (fr.a. kväve), syrefattigt tillstand och med hög syrgastäring i vattnet. Huvudorsaken till den starka föroreningsgraden står att finna i utsläppen från Arlanda flygplats. Via dagvattenutsläpp tillförs ån fr.a. mycket stora kvävemängder från ureaspridningen på landningsbanorna men även glykol, fosfor m.m. Merparten av glykolen uppsamlas numera, men fortfarande sker vissa utsläpp till ån. Glykol innehåller också fosfor till 0,2% och bidrar därigenom således även till fosforbelastningen på ån.
Från Odensalaområdet iakttas onormalt höga fosforhalter och fosfortransporter. Troliga orsaker till dessa förhållanden är utsläpp från Odensalatvätten samt dåligt fungerande enskilda VA-anläggningar. Trots att antalet fastigheter med enskilda VA-anläggningar inom Härstaåns avrinningsområde är relativt lågt svarar dessa ändå för ca 20% av fosfortransporterna till Hälaren. Härstaåns transport av kväve till Hälaren är mycket hög, (44 ton). Den är ca 2,5 gånger förhöjd p.g.a. ureautsläppen från flygplatsen. Ca 60% av kvävetransporten i Härstaån beräknas härröra från Arlanda samt andra hårdgjorda eller bebyggda områden.