Syftet med det gemensamma delprogrammet för uppföljning av fladdermusfaunan i Sverige är att på ett samordnat och effektivt sätt: - Följa upp hur utbredning av olika arters populationer förändras. - Följa upp trender på ändringar av olika arters populationsstorlekar. 

Övervakning och uppföljning av fladdermusarter i Sverige görs huvudsakligen inom tre olika verksamheter, vilka samordnas inom det gemensamma delprogrammet. Dessa verksamheter är regional miljöövervakning av länsstyrelserna, biogeografisk uppföljning och områdesvis uppföljning (uppföljning av barbastell är obligatorisk). 

Det gemensamma delprogrammet innefattar övervakning/uppföljning i totalt 12 län fördelade på drygt 100 lokaler med dagens utformning. Tre län driver delprogram inom den regionala miljöövervakningen, medan nio stycken berörs av den biogeografiska uppföljnigen och sju län av den områdesvisa uppföljningen. Uppföljningsintervallet varierar mellan ett och sex år beroende på verksamhet. Sammantaget kommer i genomsnitt cirka 50 lokaler att inventeras varje år. 

De metoder som ska användas är de av Naturvårdsverket fastställda undersökningstyperna Artkartering av fladdermöss, Övervintrande fladdermöss och Linjetaxering av fladdermöss, varav den första används på majoriteten av lokalerna. Artdatabanken genom Artportalen är datavärd för data som samlas in enligt de undersökningstyper som här är relevanta. Dock saknas anpassad inmatningsrutin, men utveckling pågår. Länsstyrelserna har ansvar att data för respektive län lagras i Artportalen. Sammantaget finansieras det gemensamma delprogrammet med uppskattningsvis 450 000-530 000 kr per år, exklusive utvärderingskostnader vart tredje år. Delprogrammet utvärderas löpande under de inledande åren, med fördjupade utvärderingar år 2016 och år 2019. 

Resultaten från det gemensamma delprogrammet används i flera olika sammanhang: - Naturvårdsverkets rapportering enligt habitatdirektivet - Rödlistningen av fladdermöss i Sverige (Artdatabanken, SLU) - Underlag vid tillståndsprövningar (till exempel vindkraft) - Olika projekt kan använda dessa data och producera rapporter, till exempel forskarrapporter - Miljömålsuppföljning 

Nyhetsbrev publiceras på samordnande länsstyrelses hemsida (Länsstyrelsen i Jönköpings län) och på en särskild sida för det gemensamma delprogrammet. Nyhetsbrev med lägesrapport skickas ut två gånger per år. Årlig rapport, som publiceras på utförarens på samordnarens hemsida. Fördjupad rapport med analyser av förändringar, effekter av utveckling etc. planeras vart tredje år.