Mjukbottenfaunans sammansättning utgör ett mycket bra mått på ett vattenområdes miljöstatus, eftersom de bentiska organismerna är förhållandevis stationära och relativt långlivade och därmed väl speglar miljöförhållandena på platsen över en längre tid (Leppäkoski, 1975). Detta gäller fr.a. de arter som saknar planktoniska spridningsstadier (larver), såsom kräftdjuren Monoporeia affinis, Bathyporeia pilosa och Saduria entomon. Dessa har också visat sig vara särskilt känsliga för olika typer av miljöpåverkan, t.ex. låga syrehalter i områden med en hög belastning av organiskt material i kombination med dålig vattenomsättning (Johansson, 1997). Monoporeia affinis används därför som en särskild indikatorart inom miljöövervakningen (Eriksson & Sundelin, 2004). Andra arter, såsom polychaeterna Nereis diversicolor och Pygospio elegans, är mer robusta, medan exempelvis chironomidlarver och många oligochaeter t.o.m. gynnas av organisk förorening (Leppäkoski, 1975). Dessa olikheter i miljökänslighet mellan olika taxa har utnyttjats till att ta fram ett s.k. bentiskt miljökvalitetsindex (Benthic Quality Index, BQI), vilket är uppbyggt av tre faktorer; proportionen mellan känsliga och toleranta arter, antalet arter och antalet individer, varvid den förstnämnda faktorn utgör den dominerande delen av indexet. BQI kan variera mellan 0 (helt ”döda” bottnar) och ca 22 (mycket hög miljöstatus) (Blomqvist et al., 2006). Vid framtagandet av detta index har man givit varje taxon ett specifikt miljöklassningsvärde baserat på den relativa abundansen av respektive taxon vid ett stort antal undersökningar av bottenfaunans sammansättning i olika områden med olika grad av miljöbelastning, dvs. varje taxons miljökänslighet. Denna relation är dock även kopplad till variation i salthalt, varför miljöklassningsvärdet för ett taxon kan variera mellan svenska västkusten och olika delar av Östersjön (Rosenberg et al., 2004). Blomqvist et al. (2006) anger därför i tabellform miljöklassningsvärden för olika bentiska taxa indelat i regioner. För en beskrivning av hur BQI beräknas, se metodikavsnittet nedan.

Enligt EU’s vattendirektiv ska miljökvalitén i varje vattenområde klassas till någon av de fem klasserna Hög, God, Måttlig, Otillfredsställande och Dålig. Denna bedömning görs lämpligen med utgångspunkt från flera olika parametrar, bl.a. bottenfaunans sammansättning. Klassgränserna för en bedömning utifrån bottenfaunans sammansättning grundar sig på beräknade BQI-värden och är olika för olika vattenområden (Blomqvist et al., 2006). Sveriges kustvatten är indelat i totalt 25 typområden och miljökvalitén ska beräknas för vart och ett av dessa. De gotländska kustvattnen ingår i två typområden; område 10 (östra Ölands och sydöstra Gotlands kustvatten samt Gotska Sandön) och område 11 (Gotlands västra och norra kustvatten), vilka enligt Blomqvist et al. (2006) är de kustområden i egentliga Östersjön som är minst belastade med näringsämnen och dessutom har hög vattenomsättning. Man kan därmed förvänta sig en god miljökvalitet i båda dessa områden. I här föreliggande undersökning ingår endast provtagningsstationer som ligger inom område 11.

I maj 2006 gjordes en undersökning av miljöstatusen i Fårösund, vattenområdet utanför Slite och vattenområdet utanför Klintehamn-Fröjel genom provtagningar av bottenfaunan på sex stationer i varje område (Widbom & Westerlund, 2007). Av dessa indikerade bottenfaunans sammansättning i områdena utanför Slite och Klintehamn-Fröjel en god miljökvalitet medan miljökvalitén i Fårösund bedömdes som sämre (måttlig), fr.a. beroende på en hög andel chironomidlarver i bottenfaunan på en del stationer. Dessa provtagningar har nu följts upp genom provtagning av bottenfaunan i samma områden i maj 2008, till största delen på samma stationer som 2006.