Vattenkemisk provtagning i sjön Fysingen sker i nationell regi på uppdrag av Naturvårdsverket sedan 1995/1996. En analys av data från nittonårsperioden 1996–2014 visar att sjöns vattenkvalitet ser ut att långsamt försämras med ökande halter av näringsämnet fosfor och brunare vatten kopplat till en haltökning av organiskt kol. Det är dock inga dramatiska förändringar som har skett. Haltökningen av organiskt kol kan kopplas till en samtidig minskning av vattnets elektriska ledningsförmåga och ökning av vattnets motståndskraft mot försurning. Detta kan sammantaget härledas till effekter av det minskade atmosfäriska nedfallet av försurande ämnen och möjliga effekter av ett förändrat klimat. De viktigaste förändringarna av vattenkemin i sjön Fysingen under perioden 1996–2014 omfattar:

•  Ökande totalhalter av organiskt kol (TOC)
•  Ökande vattenfärg (mätt som absorbans vid 420 nm för filtrerat prov)
•  Ökning av alkaliniteten (vattnets motståndskraft mot försurning)
•  Minskning av konduktiviteten (vattnets elektriska ledningsförmåga)
•  Minskande halter av elektrolyterna sulfat (SO₄^2-), kalcium (Ca²⁺), magnesium (Mg²⁺) och klorid (Cl^-)
•  Ökande halter av näringsämnet fosfor, både som totalfosfor (Tot-P) och fosfatfosfor (PO4-P)