1999 antog Sveriges riksdag 15 nationella miljömål, ytterligare ett lades till 2005. Tillsammans utgör dessa 16 miljömål i dagsläget det styrmedel som beskriver den kvalitet och det tillstånd för Sveriges miljö, natur och kulturresurser som är ekologiskt hållbara på lång sikt. För att förtydliga och underlätta miljömålsarbetet utarbetades även nationella delmål. Delmålen totalt 72 stycken innehåller riktlinjer för hur de olika målen ska nås. Under 2004 påbörjades ett samarbete mellan Naturvårdsverket, Fiskeriverket och Riksantikvarieämbetet för att tillsammans med länsstyrelserna, inom ramen för miljökvalitetsmålet Levande sjöar och vattendrag, peka ut Sveriges värdefulla sjöar och vattendrag. Utpekandet ligger till grund för arbetet med skydd och restaurering enligt delmål 1 och 2 då dessa innebär att minst hälften av de skyddsvärda miljöerna ska ha ett långsiktigt skydd senast år 2010 samtidigt som 25 % ska ha restaurerats. Föreliggande rapport beskriver arbetet med utpekandet av värdefulla vatten inom Jönköpings län. Totalt har 182 objekt (sjöar, vattendrag och delar av vattendrag) pekats ut som nationellt eller regionalt värdefulla ur natur respektive fiskesynpunkt. Underlagsmaterialet som lett fram till respektive utpekande är omfattande och grundar sig på flerårig kunskapsinhämtning om länets sjöar och vattendrag. I Jönköpings län finns 2152 sjöar med en total yta på cirka 3030 kvadratkilometer (enligt sjöregistret). Av dessa har 81 stycken pekats ut som värdefulla. De tio största sjöarna, varav alla utpekade, utgör 78 % (2368 kvadratkilometer) av den totala sjöytan. Medtaget i dessa siffror är Vättern (1856 kkvadratkilometer) som inklusive delarna utanför länet utgör 60 % av den totala sjöarealen. Exkluderas Vättern framträder att 65 % av sjöytan är utpekad som värdefull ur natur eller fiskesynpunkt. 646 kvadratkilometer eller 55 % är utpekat som värdefull både ur natur respektive fiskesynvinkel. Sjöytan värdefull enbart för fiske uppgår till 59 % och för natur 61 %. Förutom sjöar är även Jönköpings län berikat med ett flertal vattendrag. Den totala rinnsträckan på dessa vattendrag uppgår till hela 475 mil (enligt vattendragsregistret). Av denna sträcka har 55 mil pekats ut som särskilt värdefullt, värdefullt och potentiellt värdefullt ur fiskesynpunkt. Motsvarande siffror för objekt med höga naturvärden uppgår till 80 mil.