Jönköpings län har 14 regionala miljökvalitetsmål. Av dem bedöms ett mål nås inom tidsramen, fem bedöms kunna nås om ytterligare åtgärder genomförs och åtta mål bedöms vara mycket svåra eller inte möjliga att nå till år 2020 (år 2050 för Begränsad klimatpåverkan). Bedömningen av de 14 regionala miljökvalitetsmålen överensstämmer med bedömningen av de nationella målen. För att ett miljökvalitetsmål ska bedömas som uppnått räcker det inte med att alla delmål uppnås. Genom att arbeta för att uppnå delmålen är man en bit på vägen för att nå hela miljökvalitetsmålet och det krävs mer miljöarbete för att hela målet ska uppnås. Jämfört med bedömningen år 2008 har trenden för Säker strålmiljö ändrats från neutral till negativ. Detta beror bland annat på att antalet fall av hudcancer ökar och det kommer att ta lång tid innan vi ser en trend med ett minskat antal fall av hudcancer. Av de mål som är mycket svåra att nå utmärker sig Bara naturlig försurning. Trots att det pågår en omfattande kalkningsverksamhet i länets sydvästra delar är sjöar, vattendrag och marker fortfarande försurade. I årets uppföljning har dock bedömningen för försurad skogsmark ändrats i positiv riktning. Det innebär inte att försurningsproblemen är lösta utan arbetet med att hejda nedsläpp av försurande ämnen och arbetet med kalkning måste fortsätta för att den positiva bedömningen ska kvarstå. Särskilt positivt i Jönköpings län är arbetet för att nå Levande sjöar och vattendrag. Flera delmål under Levande sjöar och vattendrag bedöms kunna nås. Jönköpings län har 70 delmål och ett mål på medellång sikt (under Begränsad klimatpåverkan). Av de 71 målen bedöms 23 nås inom tidsramen, 17 kan nås om ytterligare åtgärder genomförs och 31 bedöms vara mycket svåra att nå. Jämfört med bedömningen år 2008 har nio delmål bedömts mer negativt i år. Några av de negativa bedömningarna beror delvis på att målåret 2010 närmar sig och bedömningarna har varit alltför optimistiska tidigare år. De övriga bedöms bli svårare att nå på grund av faktiska försämrade tillstånd i miljön. Fem delmål har bedömts mer positivt jämfört med år 2008. Detta beror på att mätningar har visat att utsläppen av växthusgaser och halterna av kvävedioxid har minskat samt att försurningstillståndet för skogsmarken har förbättrats. För två av delmålen under Levande sjöar och vattendrag har målåret passerat och den slutgiltiga bedömningen blev att målen har uppnåtts men att man måste fortsätta att arbeta med åtgärder för att bedömningen ska förbli positiv.