Riksinventeringen av sjöar har genomförts i hela landet. Provtagningarna 2005 i Jönköpings län genomfördes mellan den 7 november och den 1 december. Syftet med inventeringen är att ge en uppfattning om tillståndet i den breda massan av ”normalpåverkade” sjöar som inte ingår i något provtagningsprogram med tätare frekvens som till exempel programmet för referenssjöar eller recipientkontroll. Tidigare riksinventeringar har genomförts 1972, 1985, 1990, 1995 och 2000.Försurningsparametrarna pH och alkalinitet (buffringsförmåga) skiljer sig mellan Södra Östersjön och Västerhavet. Bara 2 % av sjöarna i östra länsdelen har måttligt surt till mycket surt vatten när man tittar på pH jämfört med 21 % av sjöarna i västra delen av länet. Buffringsförmågan är också generellt svagare i västra länet där 19 % av sjöarna har svagobetydlig buffertförmåga medan siffran i östra länet ligger på endast 2 %. Andelen försurningspåverkade sjöar har minskat sedan 1980-talet. Det beror på bland annat kalkning, men även på minskad användning av bränslen med höga svavelhalter som avspeglas i minskat nedfall och sjunkande sulfathalter i vattnet.Ett test av det nya bedömningsverktyget för försurningspåverkan gjordes också på de sjöar som uppfyllde kraven (ej kalkade, tillräckligt lik någon av sjöarna i MAGIC-biblioteket) (MAGIC, IVL 2006). 144 sjöar var opåverkade av kalkning och av dessa fick 100 sjöar matchning i MAGIC. 87 % av de 100 sjöar som fick matchning i biblioteket bedöms som icke påverkade av försurning. Tretton procent av sjöarna bedömdes vara försurningspåverkade och av dessa var 8 % starkt påverkade (klass 5). Prognosen fram till 2015 säger att antalet sjöar i med försurningspåverkan i klass 5 kommer att minska från 8 % till 5 %, men att inga sjöar kommer att gå från påverkad till opåverkad under den närmaste tioårsperioden.Näringshalten är generellt sett lite högre i Södra Östersjöns distrikt än i Västerhavsdistriktet. Detta syns tydligast på kvävehalterna som är högst i Motala Ström och Emån. Fosforhalten är också högst i Motala Ström där de tre högst klassade sjöarna i länet samtliga ligger inom Vätterns tillflöden. Fosforhalten är medeltal högre i 2005 års mätningar än vid tidigare riksinventeringar medan kvävehalterna de två senaste mätningarna visat sjunkande siffror.Färg och TOC har ökat i länet sjöar och detta beror på ökad mängd humus i vattnet. Den ökade mängden humus beror i sin tur bland annat på högre temperatur än vanligt och större nederbörd. Sjöarna är mer färgade i den del av länet som tillhör Västerhavsdistriktet medan grumligheten är större i de av länets sjöar som ligger i Södra Östersjöns vattendistrikt.Inom arbetet med vattenförvaltning enligt Ramdirektivet för vatten har Sverige delats in i fem distrikt varav Jönköpings län omfattas av två, Södra Östersjödistriktet och Västerhavsdistriktet. Vid en jämförelse av sjöar i de båda distrikten syns stora skillnader i bland annat försurningsparametrar och näringshalt.