Vitmärlans (Monoporeia affinis) fekunditet (ägg/hona) är signifikant lägre i Vättern jämfört med Vänern under perioden 1999-2002. Under perioden 1996-2002 registreras dock en ökande fekunditet i Vättern. Resultaten måste emellertid betraktas som osäkra med tanke på en mycket högre fekunditeten under 2002 i Vättern, som kan ha påverkat trenden. Det finns ett starkt samband mellan fekunditet och näringstillgång. Fettsyresammansättningen i vitmärla skiljer sig mellan sjöarna under 2001 då fekunditeten var mycket låg i Vättern medan skillnaderna i fettsyresammansättning minskade under 2002. En högre näringstillgång i form av kiselalger i Vättern under 2001 skulle kunna vara förklaringen till den förändradefettsyresammansättningen och högre fekunditeten hos vitmärlan i januari 2002 i Vättern.Andelen odifferentierade ägg och döda äggsamlingar hos honan är högre i Vättern än i Vänern under perioden 1999-2002. Även under 2002 skiljer sig sjöarna. Fekunditeten är starkt negativt korrelerad till andelen odifferentierade och döda ägg i båda sjöarna och vår hypotes är att födobrist bidrar till uppkomsten av de odifferentierade äggen.Missbildade embryon som ger ett mått på exponeringen för miljögifter skiljer sig inte signifikant mellan Vänern och Vättern under 1999-2002, eventuellt beroende på inhomogenaprov. Under 2001 var provmängderna mer homogena och en högre andel missbildade embryon registrerades i Vättern jämfört med Vänern. Den högsta andelen missbildadeembryon fanns på station 3 utanför Hjo där även den lägsta fekunditeten observerades. Det finns dock ingen korrelation mellan fekunditet och missbildade embryon. Under perioden1996-2002 minskade missbildningarna i Vättern. Sedimenthalterna av metaller är genomgående högre i Vänern än i Vättern med undantag för Cd som visar jämförbara halter i båda sjöarna. Trots den högre exponeringen i Vänernsediment registrerades en lägre frekvensmissbildade embryon än i Vättern och vår hypotes är att den lägre näringsnivån i Vättern kan förstärka effekterna av miljögifter.Under 2001 och 2002 observerades både honor och hannar av vitmärla som var minst 2 månader försenade i sin sexuella utveckling. Andelen vitmärlor med försenad sexuellutveckling var högre i Vänern än i Vättern och en ökning registrerades mellan 2001 och 2002.På den mest påverkade stationen i Vänern (stn 2) var 80 % av den vuxna populationen i avvikande utvecklingsfas. Hannarna var mer försenade i sin utveckling än honorna. Av de honor som inte befruktats utan fortfarande bar sina oocyter (ägganlag) hade en större andel degenererade oocyter, vilket innebär att befruktning inte längre är möjlig. Hormonnivåerna hos honor med degenererade ägganlag var mycket låga till obefintliga. Orsaken till de kraftigareproduktionsstörningarna är oklara men skadorna har uppkommit under en period då både Vänern och Vättern tillförts mycket stora vattenflöden. En mängd olika substanser i tillflödena kan ha orsakat effekterna. Det är dock inte troligt att kraftigt hormonstörandeämnen tillförts Vänern då hormonnivåer i juvenila vitmärlor inte skilde sig jämfört med vitmärlepopulationer från Östersjön av samma årsklass och ålder. Effekterna är dockalarmerande och bör följas upp.