Vättern är på förslag från dess Länsstyrelser att Natura 2000-klassas som naturtyp 3130 (Oligo-mesotrofa sjöar med strandpryl, braxengräs eller annuell vegetation på exponerade ställen). Dessutom finns det utbredda kransalgsbälten i Vättern som lokalt skulle kunnamotivera en klassning som naturtyp 3140 (Kalkrika mesotrofa vatten med bentiska kransalger).På uppdrag av Länsstyrelsen i Jönköping inventerades submersa makrofyter och kransalger i fem lokaler i mellersta och norra Vättern i syfte att:1) Basinventera förekommande arters utbredning och täckningsgrad, med tyngdpunkt på djuputbredning av typiska arter för föreslagna naturtyper;2) Bedömma vilken/vilka naturtyper de olika lokalerna skall klassas som;3) Ge grund för diskussion om lämplig målnivå för gynnsam bevarandestatus;4) Utarbeta, fälttesta, utvärdera och anpassa lämplig inventeringsmetodik för att producera en fältmanual;5) Kunna jämföras, kvalitets- och kostnadsmässigt, med 2003 års inventering utförd med annan metod.Totalt inventerades fem lokaler under juli 2004, vilka visade sig ha en stor spridning avseende naturvärde. Under inventeringen hittades totalt 15 arter, varav fem kransalger(samtliga typarter för Natura 2000) och sex isoetider(varav fem typarter). Inga rödlistade arter hittades, dock hittades den i Sverige sällsynta sträfsen Chara aspera f. subinermis utanför Vadstena.Undersökningen föreslår Vättern som representativ för naturtyperna 3130 samt 3140, där Vadstenaviken, Norrviken (vid Stora Forsa) samt Sidöns insida (Kråksviken, Karlsborg)bedöms vara lokaler med gynnsam bevarande status.