Länsstyrelsen i Jönköpings län har gett Calluna AB i uppdrag att inventera undervattensväxter i Södra och Norra Vixen. I uppdraget ingick särskilt eftersök av sjönajas och styvnate i Södra Vixen och uddslinke i Norra Vixen, men Södra Vixen skulle också basinventeras eftersom det är ett Natura 2000 område. I Södra Vixen påträffades tre rödlistade vattenväxter. Sjöhjortron fanns i stora delar av sjön i mycket riklig mängd. Sjöhjortron indikerar klart och näringsfattigt vatten. Dessutom fanns det rikligt med bandnate på stora områden vilket också indikerar klart vatten och höga naturvärden. Sjönajas påträffades endast på en lokal utanför Vixenstugan och ganska glest. Det gällde både 2007 och 2008. Ingen styvnate kunde hittas, trots noggrant eftersök. I Norra Vixen påträffades ett enda kollapsat exemplar av uddslinke i Stora Notviken. Styvnate bedöms ha dålig bevarandestatus, medan sjöhjortron, bandnate och även sjönajas bedöms ha gynnsam bevarandestatus i Södra Vixen. Dock skulle alla arterna gynnas av ett aktivt arbete för att minska risken för övergödning av sjön. Uddslinke bedöms ha en dålig bevarandestatus i Norra Vixen och även här är det önskvärt med åtgärder mot övergödning och även mot alltför humusrikt brunt vatten. Vid basinventeringen av Södra Vixen hittades hela 28 arter av flytblads- och undervattensväxter, vilket är mycket artrikt och ovanligt högt för svenska sjöar. Artsammansättning och maximal djuputbredning motiverar att Södra Vixens makrofyter bedöms ha en hög ekologisk status.