På uppdrag av Länsstyrelsen i Jönköpings län har Medins Sjö- och Åbiologi AB under hösten 2000 untöft en undersökning av bottenfaunan på 39 lokaler i rinnande vatten. Lokalerna är belägna i Motala ströms, Emåns, Mörrumsåns, Lagans, Nissans och Göta älvs vattensystem. Av de undersökta lokalerna ingår 34 stycken i olika kalskningsprojekt, medan övriga kan betraktas som okalkade. Den huvudsakliga målsättningen med undersökningen var att utifrån bottenfaunan bedöma graden av försurningspåverkan och därmed ge underlag för den framtida kalkningsverksamheten i länet. Även påverkningsgraden av näringsämnen/organiskt material samt bottenfaunans naturvärden på de olika lokalerna har bedömts.