Denna rapport omfattar en inventering av flodpärlmussla i Emåns vattensystem 1999. 10 vattendrag har inventerats i syfte att undersöka flodpärlmusselbeståndens storlek och reproduktion. Inventeringen har till största delen ägt rum i Jönköpings län (5 vattendrag). Ett samarbete har dessutom skett med länsstyrelsen i Kalmar län där 5 vattendrag också inventerats. Ett av dessa vattendrag (Sällevadsån) är ett gränsvattendrag och återfinns därför i båda länen. Ett samarbete har också skett med länsstyrelsen i Östergötland och ett vattendrag (Övre Silverån) har inventerats i södra Östergötland. Vattendragen har inventerats enligt den standardiserade undersökningstypen för flodpärlmussla (Naturvårdsverket 1999). Alla vattendrag har dock ej kunnat inventerats enligt denna metodik då sträckorna med flodpärlmusslor har varit för korta eller där underlaget för att göra en fullständig inventering har varit för dåligt. Avsikten är att i framtiden upprepa inventeringen med jämna mellanrum för att i kunna se eventuella förändringar. Undersökningen kommer att ligga till grund för specifika åtgärdsplaner. Ett åtgärdsprogram för flodpärlmusslan i Jönköpings län planeras att på sikt tas fram av länsstyrelsen.