1992 introducerade EU ett koncept för bevarande av biologisk mångfald som kallas Natura 2000. Konceptet är baserat på habitat- och fågeldirektivet. Sverige liksom andra medlemsstater är skyldiga att skydda arter och habitat som ingår i Natura 2000. Ett uppföljningssystem för Natura 2000-områden måste startas upp och vara fungerande senast 2004 så att det svarar upp mot de krav som direktiven ställer. Syftet med den här studien var att undersöka hur akvatiska naturtyper kan följas upp på regional nivå i Sverige. Lämpliga parametrar och metoder kartlades och ett preliminärt uppföljningsprogram för sjöar och vattendrag inom Natura 2000 i Jönköpings län föreslogs. Förutom parametrar som vattenkvalitet, växtplankton och fisk, vilka ofta ingår i existerande miljöövervakning kommer även makrofyter, vattennivå och strandförhållanden mm att bli viktiga. Dessutom kommer indikatorarter att vara betydelsefulla i ett effektivt uppföljningssystem. Standardmetoderna i Sverige täcker nästan alla föreslagna parametrar; några behöver dock anpassas för att passa in i uppföljningssystemet. Metoder för fysiska förhållanden (till exempel bottensubstrat) och vattennivå behöver läggas till. Denna studie visar att variationen är stor mellan olika Natura 2000-områden avseende tillstånd, hot och existerande miljöövervakning. Insamling av basinformation och mer frekvent miljöövervakning kommer att bli nödvändig under uppföljningssystemets inledningsfas; särskilt för de områden som inte har någon miljöövervakning idag. För varje Natura 2000-område ska målsättningar formuleras, vilka ska ingå i bevarandeplaner och samordnas med existerande miljöövervakning. Resultaten från uppföljningen kommer att behöva utvärderas mha tidigare miljöövervakning, bedömningsgrunder mm. Data från uppföljningen kommer att lagras i en databas. Kostnaderna för det föreslagna uppföljningsprogrammet beräknades för Jönköpings län. Existerande miljöövervakning täcker ungefär hälften av kostnaderna för ett grundläggande uppföljningsprogram. En samordning med existerande miljöövervakning kan ytterligare bidra till att minska kostnaderna. Det finns idag inte någon extra finansiering tillgänglig för att stödja uppföljningen av Natura 2000-områden. Resultatet från föreliggande studie indikerar att uppföljning av akvatiska naturtyper kan kombineras med existerande och kommande miljöövervakning för att tillgodose syftena med ramdirektivet för vatten och de svenska miljömålen.Kommentar:Rapporten är på engelska.