Ett av de främsta sätten att kontrollera utfallet av kalkningsåtgärderna är att studera populationsförändringar i fiskbestånden. Fördelen att studera fiskbestånden, jämfört t ex. med kemisk provtagning, är att man utläser den sammanlagda effekten mellan provtagningstillfällena, i stället för det momentana tillståndet. Ytterligare ett skäl att studera fisken är att de ingår i ett ekologiskt system och att man därför får en indikation om tillståndet i hela biologiska sfären. Den enskilda fiskart som har störst betydelse vid dylika undersökningar är öringen. Öringen uppträder i nästan alla typer av rinnande vatten och är den fiskart man med störst säkerhet kan kvantifiera. 1998:års elfiskeundersökning, ingående i länsstyrelsens program för kalkningsuppföljning, har utförts av Aquaticus HB. Elfiskekontrollen omfattade 88 lokaler och inleddes i mitten av juli och avslutades i slutet av augusti. De dominerande fiskarterna vid elfiskeundersökningarna 1998 var öring, elritsa och bergsimpa. Andra förekommande arter var bäcknejonöga, lake, gädda, abborre, mört, bäckröding, ål, braxen, signal- och flodkräfta. Av 88 fiskade lokaler var endast två stycken helt fisktomma, Västerån nedan Ålarydssjön och Lomsjöån nedan Lomsjön, båda belägna i Lagans vattensystem. 72 lokaler uppvisade låg eller måttlig påverkan av försurning. Hälften av dessa hade förväntade (optimala) mängder och placerades i högsta bedömningskategorin. Öring fångades på 60 lokaler. I elfiskeundersökningen var 49 lokaler belägna i Nissans vattensystem. Lagans- och Emåns vattensystem var representerade av 19 respektive 13 lokaler. De övriga 7 sträckorna var i huvudsak tillflöden till Vättern. Bland dessa vattendrag fanns de med de högsta tätheterna av öring i undersökningen, Rödån och Skämningsforsån.