Trots att svavelnedfallet har minskat med två tredjedelar sedan slutet av 1980-talet är nedfallet av försurande ämnen fortfarande över gränsen för vad marken beräknas tåla på sikt. I markvatten, som mäts på fyra lokaler i länet, saknas tydliga tecken på bättre förhållanden.För att uppnå miljömålen ”Bara naturlig försurning” och ”Levande sjöar och vattendrag” samt målet om ”God ekologisk status” i EU:s vattendirektiv behöver kalkningen fortsätta många år framöver.Kalkningen i länet berör hälften av länets yta men har störst omfattning i de sydvästra delarna. Ett minskat anslag för kalkning från Naturvårdsverket medförde ett intensivt revideringsarbete av alla kalkplaner i länet. Under 2007 spreds 12 700 ton kalk vilket är en minskning med 15 % jämfört med året innan. Under de senaste tio åren har kalkningen minskat med totalt 20 %.Arbetet med biologisk återställning har under 2007 inriktats på att öppna fiskvägar i några av Vätterns tillflöden vilket kommer att förbättra situationen för bland annat Vätteröringen som påverkats negativt av försurningen. Även i Nissan har fiskvägarna förbättrats vilket gynnar ett genuint strömstationärt öringbestånd.Den vattenkemiska måluppfyllelsen har undersökts på 347 lokaler i länet. För drygt 80 % av vattendragens längd och i 97 % av den sjöyta som undersökts var målet uppfyllt. Den biologiska måluppfyllelsen har generellt varit lägre än den vattenkemiska vilket är normalt. Under 2007 har målsättningen varit uppnådd i 49 % av vattendragens längd och 22 % av sjöytan vilket motsvarar 29 % av andelen sjöar. Den dåliga måluppfyllelsen beror på att sjöarna som nätprovfiskades under 2007 ligger i sydvästra delen av länet och är sjöar där biologisk återställning planeras.Enligt Naturvårdsverkets nya riktlinjer för hur ekologisk status ska bedömas, är endast hälften av de riksinventerade sjöarna försurade jämfört med vad tidigare bedömningsgrunder visade. Försurningsbedömning ska göras med MAGIC-modellen som modellerar fram vilket pH-värde en sjö hade 1860. Är pH-värdet idag mer än 0,4 pHenheter lägre än på 1800-talet så bedöms sjön som försurad. MAGIC-biblioteket är ett webbverktyg där man kan man hitta sjöar som är lik den sjö man är intresserad av och på så sätt försurningsbedöma sjön.Brunifiering är ett nytt begrepp som börjat användas under senare år i samband med att vattenfärgen i sjöar och vattendrag diskuteras. I de 13 tidsseriesjöar som finns inom eller nära de kalkade områdena i länet har vattenkemin studerats närmare. Svavelhalten har minskat i sjöarna men varken pH eller alkaliniteten (vattnets förmåga att stå emot syror) har ökat i motsvarande grad. Det har däremot den bruna färgen gjort. De humusämnen som ger vattnet dess bruna färg innehåller svaga organiska syror. Tidigare, under perioden med stort försurande nedfall, har dessa bundits i marken och inte nått vattnet. Nu när försurningen har minskat i såväl mark som vatten frigörs dessa ämnen och når sjöarna, vilket bromsar återhämtningen.