Vid provfisket 2006 fångades sammanlagt åtta arter: abborre, benlöja, braxen, gers, gös, lake, mört och sarv. Den totala fångsvikten uppgick till cikka 56,3 kilo . Fångsten per ansträngning (F/A) både för antal och för vikt var klart över medelvärdet från Fiskeriverkets databas vilket visar att sjön är näringsrik. Fördelningen mellan de olika djupen speglar väl syreförhållanden i sjön. Under 4 meters djup var det i princip syrefritt vilket betyder att fisken inte uppehöll sig där.När det gäller de olika fiskarterna kan man kort säga att abborrbeståndet var talrikt men småvuxet. Reproduktionen ser ut att ha fungerat men det saknas potentiellt fiskätande individer. Mörtbeståndet är stort och har inte några reproduktionsstörningar. Det finns ett stort bestånd av gös och reproduktionen fungerar bra.Sammantaget är Lilla Nätaren en eutrof (näringsrik) sjö med ett stort fiskbestånd både vad gäller antal och biomassa vilket tyder på näringsrika och produktiva förhållanden. Sjön har enligt naturvårdsverkets nya bedömningsgrunder (EQR8, se bilaga 1) fått klassningen ”otillfredsställande ekologisk status” utifrån provfiskeresultatet, med avseende på fisk i sjöar. Lilla Nätaren ligger i ett vattensystem med höga halter av näringsämnen. Det kommer mycket näringsämnen från Ryssbysjön och Huluån vilka ligger uppströms sjön. Lilla Nätaren är intimt sammankopplad med Stora Nätaren nerströms via ett sund. Vid provfisketillfället var sjön rovfiskdominerad tack vare den goda tillgången på gös. Sammanvägt med uppgifter från intresseföreningen kan det dock inte uteslutas att sjön är mörtfiskar ändå dominerar. Risken är stor att sjön kommer att bli mer mörtfiskdominerad eftersom näringshalterna (kväve och fosfor) är höga i sjön. I förlängningen riskerar man en eutrofieringsspiral där ökad mängd mörtfisk ger ökade halter näringsämnen vilket ger ökad mängd mörtfisk och så vidare. Att hålla fisketrycket på rovfisk lågt är så länge näringshalten är hög. Ett litet riktat fiske på stor gös (exempelvis >500 mm) kan dock ha en positiv inverkan på antalet mellanstora gösar. Detta kan i sin tur medföra att den totala predationen på mörtfisk ökar och att beståndet därigenom hålls nere mer än vid ett totalt fiskeförbud. Det borde göras en undersökning om huruvida siken har försvunnit helt eller om beståndet är så sparsamt att det missades vid provfisket. En rekommendation är att en fiskvårdsområdesförening bildas i sjön så att man kan få ett samlat grepp om de åtgärder som eventuellt behöver göras. Den bästa effekten får man troligen om man går samman med Stora Nätarens förening eftersom det är ett öppet system mellan dessa sjöar. En fiskevårdsplan är en bra start för det arbetet. Mer omfattande åtgärder i Lilla Nätaren blir dock effektiva först när transporten av näringsämnen uppströms ifrån minskat.