Försurning av mark och vatten är ett av Jönköpings läns största miljöproblem. Kalkning är nödvändigt för att uppnå miljömålen ”Bara naturlig försurning” och ”Levande sjöar och vattendrag”. Det mesta talar för att kalkningen kommer att behövas i många år framåt. Även om nedfallet av försurande ämnen har minskat drastiskt sedan slutet av 1980-talet kommer det att ta lång tid för markerna att återhämta sig efter en lång period med kraftigt förhöjd belastning av försurande svavel och kväve. För marker med mycket utarmade förråd av buffrande basiska ämnen kommer en naturlig återhämtning sannolikt inte att ske. Där kan andra åtgärder som askåterföring och skogsmarkskalkning bli aktuella. Kalkningen i Jönköpings län berör hälften av länets yta men har störst omfattning i de sydvästra delarna. Under 2006 spreds 14 900 ton kalk vilket är något mindre än under 2005 (15 200 ton). Merparten spreds på våtmarker. Prisökningen på kalken var cirka 6 %, vilket är den högsta höjningen hittills. Det stora arbetet inom biologisk återställning under 2006 har varit att ta fram en plan för all restaurering av vatten i Jönköpings län. I denna ingår även plan för biologisk återställning 2006–2010. Under 2006 har många åtgärder med biologisk återställning i försurade vatten varit på gång men inte avslutats av olika skäl. Några av dessa syftar till att öppna och förbättra fiskvägar i Vätterns tillflöden för att på så vis gynna Vätteröringen som påverkats negativt av försurningen. För 347 lokaler har en vattenkemisk målsättning formulerats. För drygt 80 % av längden vattendrag och antalet sjöar har den uppfyllts. Räknar man enbart areal sjöyta var målsättningen betydligt bättre: 96 %. Måluppfyllelsen när det gäller effekter på biota har generellt varit lägre än den vattenkemiska, vilket är normalt. Av de undersökningar som gjordes 2006 har målsättningen varit uppnådd i 44 % av längden vattendrag. För sjöarna gäller att målet har nåtts i 55 % av de undersökningar som gjorts under 2006 baserat på antalet sjöar och 66 % baserat på arealen sjöyta. Kalkningarna inom Lagan och Helgeån utvärderades under 2006 och visar att målen är uppnådda i 96 % av sjöytan och 66 % av vattendragsträckan. Under 2006 spreds cirka 6 500 ton i området. För en del åtgärdsområden har förändringar i form av förtätat kalkningsintervall samt minskade kalkmängder föreslagits. Totalt föreslås kalkmängden inom detta område minska med cirka 1 200 ton/år.