Delar av Smålandslänen har inventerats ett flertal gånger sedan mitten av 1980-talet. En mer omfattande inventering av de tre länen gjordes emellertid år 2000, då även stora delar av Blekinge län undersöktes inom ramen för Projekt Utter i Sydöstra Sverige. Resultaten från inventeringen år 2000 visade att utterns kända kärnområden i de norra delarna av Jönköpings- och Kalmar län var intakta. Det fanns en viss antydan till etablering ut mot kusten. Fyra ”nya” områden kunde redovisas: 1) Helge å, Lagan och Årån, 2) Alsterån, Badebodaån och Snärjebäcken, 3) Vierydsån och Bräkneån samt 4) Silverån via Bruzaån till Eksjö. Hösten 2007 gjordes en återinventering av utvalda lokaler inom Jönköpings län och hösten 2008 gjordes liknande i Kalmar, Kronoberg och Blekinge län. I samband med inventeringarna undersöktes även behovet av utteranpassade faunapassager samt lämpliga lokaler för en fortsatt miljö-övervakning av utter i respektive län. Resultaten från inventeringarna 2007/2008 visar på en rejäl ökning av utterförekomst i samtliga län och att spridningen av utter förekommer förhållandevis jämt över länen. Det område som fortfarande saknar utter är de sydvästra delarna som främst omfattar Nissan med biflöden. De vattendrag som uppvisat störst positiv förändring sedan år 2000 är Lagan, Lyckebyån och Ronnebyån. I Lagan återfanns endast spår av utter på någon enstaka lokal år 2000 medan Lyckebyån och Ronnebyån helt saknade spår av utter. Förekomsten av mink i länen har fortsatt att minska men dock inte så dramatiskt som mellan 1991 och år 2000.