Sommaren 1993 genomförde Länsstyrelsen en inventering av flodpärlmussla i Jönköpings län. Inventeringen omfattade totalt 93 lokaler i 54 lika vattendrag. Vid inventeringen påträffades levande flodpärlmusslor i endast tre vattendrag, Bordsjöbäcken, bäck från Sjöhester (tillflöde till Bordsjöbäcken; Svartsåns vattensystem) och Gnyltån (Emåns vattensystem). I Gnyltån och Bordsjöbäckens huvudfåra var förekomsten dock redan känd. Utöver levande exemplar av flodpärlmussla hittades flodpärlmusselskal i Domneån (ett av Vätterns tillflöden), målarmusslor i Allmänningsån (Emåns vattensystem), dammusslor i Årån, Orsån (Lagans vattensystem) och i Almånningsån och ärt/klotmusslor i Domneån och Hästgångsån (Lagans vattensystem). Idag har 19 bestånd av flodpärlmussla påträffats i länet fördelat på 12 vattendrag. I Nissans vattensystem finns 5 mkt små bestånd, i Emåns vattensystem finns tolv bestånd och i Svartåns vattensystem finns två bestånd. Dessutom kan det utifrån de uppgifter som framkommit antas, att minst 18 bestånd av flodpärlmussla har slagits ut i länet.