Både inom vattenförvaltningen och miljömålsarbetet har åtgärdsprogram med syfte att förbättra miljökvaliteten i vatten, tagits fram. Det finns många samordningsvinster att göra. En genomgång visar att 24 åtgärder i miljökvalitetsmålens åtgärdsprogram (Åtgärdsprogram för miljömålen för vattnets bästa 2011-2015) har kopplingar gentemot vattenförvaltningens åtgärdsprogram. 17 av vattenförvaltningens åtgärder har en tydlig koppling mot miljömålen, det vill säga är likvärdig eller att miljömålsåtgärden är en del i den större vattenförvaltningsåtgärden.