Ett nytt instrument, System Aqua, utkom 1996 för att karakterisera vattendrag och sjöar. Grundtanken var att systemet skall vara objektivt och enhetligt. Detta innebär att provtagningsmetodik, analyser och bearbetning som ligger till grund för bedömningen bör vara likvärdiga. Systemet tillämpades i Nissans vattendrag, Jönköpings län. Vissa problem uppstod vid användandet och ett antal specialprojekt startades med syfte att pröva systemets tillämpbarhet i både sjöar och vattendrag. Ett genomgående problem var att systemet tolkades olika av olika användare samt att underlagsmaterial och bearbetning skilde sig. Vid ett seminarium i Tokeryd uttrycktes bl.a. behovet av en manual. Målsättningen med föreliggande manual är att underlätta för användaren att karakterisera och/eller natyrvårdsbedöma vattendrag, delar av vattendrag eller sjöar. Förhoppningsvis ska manualen minimera utrymmet för olika tolkningar av hur de ingående indikatorerna skall behandlas. Manualen ska klargöra vilka analyser etc som måste ingå, som ett minimikrav, för att en bedömning av en indikator/kriterium överhuvud taget skall vara tillåten. Dessutom skall manualen ge riktlinjer för hur ett objekts data från flera provplatser och provtillfällen behandlas och bedöms och under hur lång tidsperiod data skall hämtas. Föreliggande förslag till manual bör betraktas som en förstudie, då det är troligt att System Aqua bör arbetas om i vissa delar så kommer även manualen att behöva förändras. Föreliggande förslag bör dock kunna utgöra en utgångspunkt för kommande arbete. Syftet är att konstruera ett förslag till manual till befintlig System Aqua med de förändringar som beslutades vid Tokerydsseminariet. Arbetet har bekostats av Naturvårdsverket inom ramen för Miljöövervakningens specialprojekt för System Aqua 1997 och Länsstyrelsen i Jönköpings län.