Försurning av mark och vatten är ett av Jönköpings läns största miljöproblem. Kalkning är nödvändigt för att uppnå miljömålen ”Bara naturlig försurning”, ”Levande sjöar och vattendrag” och ”Ett rikt växt- och djurliv”. Det mesta talar för att kalkningen kommer att behövas i många år framåt. Även om nedfallet av försurande ämnen har minskat drastiskt sedan slutet av 1980-talet lever ”minnet i markerna kvar”. Det kommer att ta lång tid för markerna att återhämta sig efter en lång period (50-100 år) med kraftigt förhöjd belastning av försurande svavel och kväve. För vissa marker, med mycket utarmade förråd av buffrande basiska ämnen, kommer en naturlig återhämtning sannolikt inte att ske och där kan andra åtgärder bli aktuella.Kalkningen i Jönköpings län berör hälften av länets yta men har störst omfattning i de sydvästra delarna. Under 2005 spreds lika mycket kalk som under 2004; 15 200 ton. Merparten spreds med hjälp av helikopter på våtmarker. Kalkpriserna ökade med 4-5 % jämfört med året innan.Under 2005 har åtgärder med biologisk återställning i försurade vatten fått ordentligt genomslag och ett stort antal projekt har avslutats eller påbörjats i länet. Några har syftat till att öppna och förbättra fiskvägar i Vätterns tillflöden för att på så vis gynna Vätteröringen som påverkats negativt av försurningen.För 342 lokaler har en vattenkemisk målsättning formulerats. För drygt 80 % av längden vattendrag och antalet sjöar har den uppfyllts. Räknar man enbart areal sjöyta var målsättningen betydligt bättre: 96 %. Detta är något bättre än föregående år. Måluppfyllelsen när det gäller effekter på biota har generellt varit lägre än den vattenkemiska, vilket är normalt. Av de undersökningar som gjordes 2005 har målsättningen varit uppnådd i 65 % av längden vattendrag. För sjöarna gäller att målet har nåtts i 55 % av de undersökningar som gjorts under 2005, både baserat på antalet sjöar och arealen sjöyta. Biologiska undersökningar är förhållandevis dyra och görs därför inte varje år. Om beräkningen istället görs på den senaste undersökningen i respektive sjö blir måluppfyllelsen bättre; 75-90 %.Under 2003 infördes ambitionen att vattenkemiska provtagningar ska göras i samband med högflöden, när förhållandena i vattnet är som sämst. Tidigare har provtagning utförts på förutbestämda dagar. Jämförelser mellan tre lokaler med vattenkemiska provtagningar och en näraliggande lokal med dygnsvis flödesmätning visar att ambitionen har lyckats på dessa lokaler. Graden av måluppfyllelse har inte minskat även om övergången har medfört generellt lägre värden för pH och alkalinitet.I mars 2005 studerades surstötar genom dagliga mätningar på två lokaler. I denna studie noterades större variation i ett kalkat än i ett okalkat vattendrag och vattnet i det kalkade vattendraget blev så mycket som 10 gånger surare under loppet av två dagar. Utan kalkning hade vattnet sannolikt blivit ännu surare och resultaten visar att nuvarande kalkning var långt ifrån tillräcklig för att undvika kritiska nivåer på pH. Dessa mycket kortvariga perioder med surt vatten kan vara svåra att upptäcka med hjälp av vattenkemiska provtagningar men ge tydliga effekter på det biologiska livet.