Klimatet påverkar i hög grad miljön i våra vatten. Mer regn ger högre flöden och utflödet av försurande ämnen ökar från omgivande marker. Under 2011 var nederbörden 20 % högre och temperaturen 1,5 °C över det normala. De största högflödena inföll under april och december. Nedfallet av svavel var något högre än under de tre senaste åren men under nivån för vad som är långsiktigt hållbart. För nedfall av kväve och för pH i markvattnet märks ännu inga förbättringar. Under 2011 spreds 11 300 ton kalk i länet vilket är 34 % lägre än snittet för 1997- 99. Drygt hälften av kalken spreds på våtmarker. Prishöjningen var i genomsnitt 12 %. Nio av totalt tio kalkande kommuner reviderade sina kalkmängder. Den vattenkemiska måluppfyllelsen har undersökts på 350 lokaler i länet. Målet var uppfyllt i 82 % av vattendragens längd och 99 % av den sjöyta som undersökts. Måluppfyllelsen för den biologiska effektuppföljningen var uppnådd i 86 % av vattendragens längd och 87 % av undersökt sjöyta. Under 2011 har totalt 33 bottenfaunalokaler, 1 mussellokal, 15 kräftlokaler, 66 elfiskelokaler och 14 nätprovfiskesjöar undersökts. Arbetet med biologisk återställning görs för att de arter som försvunnit eller minskat i antal på grund av försurning ska kunna återkomma. Målvattendragsinventeringen påbörjades hösten 2010 och omfattar totalt 146 målvattendragssträckor i länet. Syftet är att beskriva försurningsläget och ge underlag för framtida kalkningsplanering. Länsstyrelsen i Jönköpings län har under 2011 varit med och utvecklat Nationella Kalkdatabasen. Informationsmaterial om försurning och kalkning – ”När surt regn faller” har tagits fram och är avsedda för högstadie- och gymnasieskolor.