Länsstyrelsen i Jönköpings län biotopinventerade stora delar av Emåns vattensystem sommaren 1998 i samarbete med bl a Emåprojektet. Sammanlagt 77 mil vattendrag ingick i inventeringen. En lång rad faktorer protokollfördes både rörande vattenmiljön och närmiljön på land. För de nedre delarna upp till kraftverket vid Högsby användes en speciell metodik för att få fram bra värden på lämpliga arealer för de bestånd av havsöring och lax som finns i Emåns nedre delar. Denna rapport är en sammanställning av resultat från detta delprojekt inom den större inventeringens ram. Även sträckan mellan Högsby och Blankaström redovisas i sammanhanget.