Hösten 2001 sökte och erhöll Länsstyrelsen i Jönköpings län tillsammans med Länsstyrelserna i Östergötland och Västerbotten projektmedel från Naturvårdsverket. Projektmedlen har främst använts till att ta fram en tids- och kostnadsuppskattning för hur mycket arbete som krävs för att göra en karakterisering och statusbedömning av vattendrag enligt Ramdirektivet för vatten (Artikel V, bilaga II och V) utifrån det verktyg som System Aqua utgör. En naturvärdesbedömning (statusklassning) av ett antal vattendrag i södra Sverige (Jönköpings, Västra Götalands och Östergötlands län) och i norra Sverige (Västerbottens län) har genomförts. Men även en jämförelse av den nya versionen av System Aqua (2001) och dess naturvärdesbedömning med Ramdirektivet för vatten och dess statusbegrepp har gjorts. Att påvisa skillnader och likheter mellan de båda systemen samt dessa användbarhet har delvis också ingått i uppdraget. En rad frågor återstår dock när det gäller de båda systemens kompabilitet gentemot varandra. Dessa är både av mindre definitionskaraktär samt av större karaktär i form av rena bedömningar. En revision av System Aqua och de svenska bedömningsgrunderna har pågått parallellt med detta arbete.Övrigt arbete med Ramdirektivet för vattenUnder 2002-2003 pågår flera parallella arbeten med anknytning till artikel V (bilaga II och V) i Ramdirektivet för vatten. En revision av System Aqua och framtagande av en manual för det kommande arbetet med karakterisering och statusbedömning utförs våren 2003. Samtidigt genomförs en revidering av de nuvarande bedömningsgrunderna för bottenfauna, fisk, makrofyter, påväxtalger, växtplankton. Nya bedömningsgrunder för fysisk påverkan är dessutom under framtagande. Länsstyrelsen i Jönköping och Västerbotten fick i januari 2003 i uppdrag att ta fram en kostnad det kommande arbetet med artiklarna i Ramdirektivet för vatten. Kostnaderna togs först och främst fram på regional basis men även för de kommande distrikten för Södra Östersjön, Bottenhavet samt Bottenviken. Detta uppdrag redovisas för artikel V (bilaga II och V) i bilaga 3 och 4 i föreliggande rapport.