Biologiska provtagningar i form av bottenfaunaprovtagningar har genomförts inom kalkningsverksamhetens uppföljningsprogram under en lång rad år. Resultaten av dessa hjälper till vid bedömning av surhetsförhållanden och hur framgångsrik kalkningen varit, men ger också ofta motstridiga resultat. Överrensstämmelsen med uppmätta vattenkemiska värden är ibland dålig. En alternativ metodik, surhetsbedömning med hjälp av kiselalger finns dock framtagen. I en jämförelse, gjord av Cecilia Andrén, ITM, Stockholms universitet, mellan bottenfaunaprovtagning och kiselalgsprovtagning i ett annat projekt visade sig kiselalgerna i mycket högre grad korrespondera med hur vattenkemin sett ut. I Värmlands län har under 2007 ett test av metodiken med kiselalgsprovtagning genomförts på tio lokaler. Metodiken visade sig fungera lika bra, och i flera fall bättre än provtagning med hjälp av bottenfauna både i sjöar och vattendrag. Som försurningsindikator fungerar till synes kiselalger bättre än bottenfauna. Man förlorar dock vid en övergång till enbart kiselalgsprovtagning de extra data om sällsynta/rödlistade man får vid bottenfaunaprovtagningen