Förekomst av sjöfågelkolonier har ofta varit grund för beslut om inrättande av fågelskyddsområde i Vänern. Tack vare denna typ av fågelskydd har måsfåglar, samt fågelarter som häckar i anslutning till dessa, måsfåglarnas så kallade följearter, fått häckningsplatser skyddade. Det gäller exempelvis storlom, flera arter av änder och gäss, strandskata och roskarl. Ett annat vanligt motiv för inrättande av fågelskyddsområde har varit häckande fiskgjuse.