Skåne är troligen det län i Sverige där den tjockskaliga målarmusslan har varit mest utbredd. Historiska uppgifter visar på att musslorna tidigare har förekommit i flera av Skånes vattendrag, men också i några sjöar. Med tiden har bestånden decimerats kraftigt, eller helt försvunnit från de skånska vattendragen. Det finns många olika hot som påverkar musslornas överlevnadsmöjligheter. I Skåne är den omfattande vattenverksamhet, speciellt i form av rensningar, som bedrivs i vattendragen det största hotet mot den tjockskaliga målarmusslan.