På uppdrag av Naturvårdsverket har Länsstyrelsen i Skåne län tillsammans med Länsstyrelserna i Jönköpings och Västernorrlands län varit testlän, för den andra versionen av System Aqua (testversion 2000-04-07). Den ursprungliga versionen av System Aqua publicerades 1996, Naturvårdsverket Rapport 4553. Denna version har omarbetats kraftigt i ett nära samarbete mellan Naturvårdsverk, SLU och Länsstyrelserna i Skåne, Jönköpings samt Västernorrlands län.