Försurningen av mark och vatten utgör ett av de största miljöhoten i Sverige idag. Hittills har över 6000 sjöar i landet kalkats. Alsteråns avrinningsområde började kalkas i slutet av 1970-talet. I Kalmar län har statsbidrag utgått till 17 sjöar i vattensystemet samt till våtmarkskalkning vid Badebodaån. Alsterån ligger i ett försurningskänsligt område och många sjöar var innan kalkningen akut försurningshotade eller redan försurade. I dagsläget bedöms inte Alsterån och Badebodaåns huvudfåror som försurningshotade. Däremot är ofta mindre bäckar och sjöar som inte omfattas av kalkningsverksamheten försurade. Biologisk undersökning i kalkade vatten tyder också på försurningspåverkan vissa år. I flera sjöar har man dock sett positiva effekter av kalkningen på fiskfaunan.