Natura 2000 är ett europeiskt nätverk av skyddad natur. Syftet med Natura 2000 är att värna om fåglar, naturtyper och arter som medlemsländerna inom EU kommit överrens om att skydda.Länsstyrelsen i Södermanlands län har föreslagit och regeringen har fattat beslut om 198 Natura 2000-områden. Totalt utgör dessa ca 50 000 ha, vilket motsvarar ungefär sex procent av länets yta. De största Natura 2000-områdena återfinns i havet, som t.ex. Hävringe-Källskären och Skärgårdsreservaten. Andra exempel på Natura 2000-områden i länet är Båven, Stendörren och Tullgarn.