Gotlands fladdermusfauna har inventerats 4 gånger, 1980-81, 1993, 1997 och 2005. Detta är rapporten från 2005 års inventering. Artkartering utfördes på 139 lokaler och linjetaxering med bil omfattade 788 km av vägnätet. Sammanlagt 1860 fladdermöss observerades, 975 vid lokalerna och 885 vid linjetaxeringen. 12 olika arter anträffades under 2005 och därmed är det nu totalt 14 arter påvisade på Gotland. Tre av dessa har troligen inte reproducerande populationer på ön. Den vanligaste arten, nordisk fladdermus, observerades med 1284 individer och var närvarande vid 75% av alla artkarterade lokaler och vid linjetaxeringen räknades i medeltal 11 individer/km, vilket är mycket mer än vad som är normalt på fastlandet. Populationen tycks vara stabil. Trollfladdermus observerades med några få individer på en lokal 1980 och har sedan dess ökat gradvis. Under 2005 observerades 89 individer på 39 platser. Den är nu väl spridd över ön och flera kolonier påvisades. Myotis-arterna är vanligare på Gotland än vad de vanligen är på fastlandet. En möjlig förklaring är att Gotland saknar populationer av dvärgfladdermus, en situation som även råder på Bornholm. Barbastell som tidigare endast var funnen på sydligaste Gotland hittades nu även på norra Gotland. Från naturvårdssynpunkt är läget för fladdermössen ungefär som tidigare. Det finns dock klart negativa faktorer som kräver ökad uppmärksamhet. Skogs- och utmarksbete av kor och hästar avvecklas och leder till försämrade vegetationsstrukturer och sämre insekttillgång för fladdermössen. Vid skötsel av ängen och lövskog är det vanligt att man öppnar för mycket och inte bevarar de täta partier av hässlen och fullskiktade lövbestånd som är värdefulla för flera arter t.ex. fransfladdermus. Placering av nya vindkraftverk sker ofta utan tillräcklig hänsyn till viktiga födosöksbiotoper för fladdermöss.