Under 2006 inventerades flodnejonöga Lampetra fluviatilis i 44 vattendrag på Gotland (Rapporter om natur och miljö 2007:8). Under den inventeringen okulärinventerades vattendragen från mynningen och en kilometer uppströms. Om det var möjligt, d.v.s. om det fanns tillgång till sötvatten, elfiskades ett lämpligt område. I 12 av vattendragen påträffades nejonögonlarver. I 12 av vattendragen saknades på den inventerade sträckan lämpliganejonögonhabitat eller så påträffades inte larver i den omfattning som motsvarade mängden habitat. Det kunde dock inte uteslutas att en fungerande population kunde ha sin huvudsakliga förekomst längre upp i vattensystemet. För att utreda flodnejonögats status i dessa vattendrag har en kompletterande inventering i två faser utförts under 2007. Utöver dessa 12 har ytterligare 10 vattendrag tagits med i den okulära inventeringen. Totalt besöktes därmed 22 vattendrag under 2007 års inventering. Utav dessa elfiskeinventerades 11 stycken. Den första fasen genomfördes i slutet av maj och syftade till att inventera antalet lekgropar. Fas två genomfördes i början av september och bestod i att elfiska larver.Under 2007 års inventering har arten, utöver de där den påträffades 2006, hittats i ytterligare sex vattendrag. Det innebär att flodnejonöga totalt har påträffats i 18 gotländska vattendrag under 2006 och 2007 års inventeringar. Många av bestånden är dock svaga och endast i sex av de undersökta vattendragen bedömdes de vara livskraftiga.