Flodnejonögat har under de senaste hundra åren minskat kraftigt inom hela sitt utbredningsområde. Föroreningar och vandringshinder i form av dammar anses vara de tvåviktigaste orsakerna till minskningen, men även kanaliseringar och övrig påverkan av larvernas uppväxthabitat nämns som viktiga faktorer.Den här inventeringen har utförts på uppdrag av Länsstyrelsen på Gotland i syfte att öka kunskapen om de gotländska bestånden av flodnejonöga. Inventeringen har som mål att: klarlägga flodnejonögats utbredning på Gotland, få en bild av beståndens status i de undersökta vattendragen samt utgöra underlag för framtida skydd och skötsel av Gotlands vattendrag.Vi har besökt vattendrag under vårens lekperiod för okulär inventering samt följt upp med elfisken efter nejonögonlarver under sensommaren. Elfisket har medgett att vi kunnat bedöma antal representerade årsklasser i vattendragen och därmed få en bild av hur reproduktionen fungerar. Ett problem vid elfiske efter nejonögonlarver är att larver från bäck- och flodnejonögon är mycket svåra att skilja åt. Det faktum att bäcknejonögon aldrig iakttagits på Gotland eliminerade detta problem.Av de 14 vattendrag som inventerades okulärt under perioden 2006-04-30 till 2006-06-05 konstaterades lekande flodnejonöga eller spår av lekande flodnejonöga i nio stycken. Av de totalt 44 vattendrag som besöktes under perioden 2006-08-18 till 2006-09-1 genomfördes elfisken i 26 stycken. I 14 av vattendragen saknades vatten helt, alternativt var de återstående vattensamlingarna så små att inget elfiske kunde genomföras. Av de 26 vattendrag som elfiskades fångades nejonögonlarver i 10 stycken. Totalt under inventeringen konstaterades förekomst av flodnejonöga i 12 vattendrag. Endast fem utav dessa bedömdes dock ha stabila bestånd med regelbunden reproduktion. Uttorkning, kanaliseringar, vattendragsrensningar och vandringshinder bedömdes som de största hoten mot gotlands bestånd av flodnejonöga.