Under 1-6 augusti 2007 utförde AquaBiota Water Research i samarbete med Tång och Sånt en marinbiologisk inventering av Kågefjärdens botten på uppdrag av Länsstyrelsen iVästerbotten.Fem områden med tre lokaler i varje undersöktes enligt Naturvårdsverkets metod för marin basinventering, denna utgår ifrån linjetaxeringsmetoden. Stora regnmängder föreoch i början av inventeringen gav stora utflöden av sötvatten. Detta hade en negativ effekt genom att siktförhållandena förändrades markant, mängden löst sediment var hög och salthalten förändrades.Varken Naturvårdsverkets Bedömningsgrunder för Kust och hav, Rapport 4914, eller de nya bedömningsgrunderna, var tillämpliga på Kågefjärden som är grund, utsötad och saknarmånga av de arter som bedömningsgrunderna baseras på. En egen naturvärdesbedömning utarbetades som grundar sig på följande kriterier:" Artantal och typ av växt" Sammansättning och täckningsgrad" Sällsynta, rödlistade arter" Påväxt och sedimentation" Syrefria bottnar med bakteriefläckar." Fiskförekomst" Opåverkad eller påverkad miljö (bryggor, bebyggelse, jordbruk etc.)Inom samtliga områden råder en hög grad av sedimentation och en mycket hög grad av kiselalgspåväxt, detta är egenskaper som beaktas i naturvärdesbedömningen. HelaKågefjärden hamnar inom exponeringsklasserna Skyddat-Mycket skyddat-Extremt skyddat.I Kågefjärden som helhet finns en påverkan av mänsklig aktivitet i form av hus, bryggor, fritidsbåtar. Det finns även ett sågverk och en småbåtshamn.