Storblaikenreservatets största värde ligger i orördheten och storleken. Större delen av reservatet saknar helt spår av skogsbruk. Utbyggnaden av skogsbilvägar under senare hälften av 1900-talet har bidragit till fragmenteringen av skogslandskapet. Inom reservatet saknas, i stort sett, vägar.Storblaikenreservatet har höga naturvärden. De höglägesskogar som finns inom reservatet är, liksom de övriga fjällnära granskogarna, mindre påverkade av brand är taigans normalt regelbundet brandstörda barrskogar (Angelstam och Rosenberg 1993). Skogarna befinner sig därför till övervägande del i ett mycket sent successionsstadium. Det gör att växter och djur är anpassade till en stabil miljöReservatet har hög mångformighet med stora områden med björk- respektive granskog, myrar och sjöar. Det skapar förutsättningar för ett rikt växt- och djurliv med många hotade arter.Reservatets stora arealer med gammal granskog uppvisar många viktiga livsmiljöer som aldrig återskapas i kulturskogar Höglägesskogarna har därför kommit att bli tillflyktsorter för en mängd specialiserade barrskogsarter som tidigare hade en vidare utbredning men som inte kan överleva i den brukade skogen (Esseen m. fl. 1992). Linder och Östlund (1992) pekar särskilt på att gamla samt grova träd saknas i de brukade skogarna. Enligt Naturvårdsverket (1991) är bristen på död ved troligen den faktor som utgör det största enskilda hotet mot den biologiska mångfalden i skogslandskapet.