Naturreservatet Veckholms Prästholme fridlystes 1961 med huvudsakligt syfte att säkerställa öns botaniska värden.Reservatet omfattar öarna Prästholmen, Klockarskär och Spegubben i Prästfjärden och utgör Uppsala läns sydligaste utpost i Mälaren.Vegetationen på öarna består till stora arealer av lövskog där speciellt förekomsten av de ädla lövträden är påtaglig. Prästholmens centrala delar täcks av en tät lundvegetation som domineras av alm, lind och al med mycket rik flora. Örtfloran i lunden är mycket särpräglad då den helt domineras av flertalet örter som i övriga regionen kan betraktas som mindre vanliga eller sällsynta.Bland övriga vegetationstyper märks lindskog, granskog av blåbärsristyp och hällmarkstallskog. Öns stränder består till långa sträckor av klipphällar.Den täta ädellövskogen hyser ett rikt småfågelliv och har förutsättningar för en intressant insektsfauna. Av den högre faunan märks främst grävling. Reservatet har även stora värden för det båtburna rörliga friluftslivet. Gris utformning med skyddade vikar ger goda uppankringsmöjligheter. De solbelysta hällarna och stigarna som följer öns stränder gör reservatet attraktivt som utflyktsmål.För att säkra öns botaniska värden krävs vårdinsatser för att gynna ädellövträdens föryngring och utveckling. Den i ädellövskogen inträngande granen ska successivt röjas. Övriga delar av ön ska i princip lämnas orörda