På uppdrag av Länsstyrelsen i Uppsala län utförde Erkenlaboratoriet, EBC, Uppsala Universitet en undersökning av bottenfaunans sammansättning, östersjömusslors skalskador och tungmetallhalter samt cesium, tungmetaller och organiska miljögifter i sediment. Undersökningen omfattade tio lokaler längs norra upplandskusten och genomfördes under hösten 1999 och vintern 2000. Syftet var att dokumentera områdets miljökvalitet, vilken delvis bedömdes enligt Naturvårdsverkets bedömningsgrunder.Vid nio av tio lokaler utgjordes bottenfaunan av 5-7 taxa. De vanligaste organismerna var slemmaskar, havsborstmaskar, fåborstmaskar, musselkräftor och östersjömusslor. I södra delen av Östhammarsfjärden förekom endast tåliga organismer som fjädermygglarver och havsborstmaskar. Vad gäller skalskador företedde 25-30% av östersjömusslorna i Singöfjärden, Högstensfjärden och Vässaröfjärden frätskador. De högsta frekvenserna av oskadade musslor påträffades i norra Östhammarsfjärden och i Kallrigafjärden.För metaller i östersjömussla klassades halternas avvikelse från jämförvärden i drygt 20% av fallen som tydligt till mycket stor. I övriga fall fanns ingen avvikelse eller den var liten. Stora avvikelser från jämförvärden noterades för koppar och zink i östersjömussla (mjukdelar) vid samtliga lokaler undantaget Högstensfjärden och Kallrigafjärden. Aktiviteten av radioaktivt cesium i ytsediment varierade mellan 307 och 1243 Bq*kg-1 TS. De lägsta aktiviteterna uppmättes i Östhammarsfjärden och i Hargsviken och de högsta i Raggarö- Vässarö- och Kallrigafjärdarna samt i Lövstabukten.För metaller i ytsediment klassades halternas avvikelse från jämförvärden i hälften av fallen som tydlig till stor. I övriga fall fanns ingen avvikelse eller den var liten. Halterna av organiska miljögifter var generellt låga till medelhöga. Högst halter polycykliska aromatiska kolväten (PAH) uppmättes i södra Östhammarsfjärden. Halten hexaklorbensen (HCB) var medelhög vid sex av lokalerna och låg vid övriga. PCB förelåg i allmänhet i låga eller medelhöga halter. I Singöfjärden och Hargsviken uppmättes dock höga halter PCB 153. Bekämpningsmedlen hexaklorhexaner (HCH), bl a lindan, klordaner och diklordifenyltrikloretan (DDT) och dess primära nedbrytningsprodukter (DDE och DDD) förelåg i låga till medelhöga halter. Tänkbara källor till metaller kan vara tillförsel via det kommunala reningsverket eller andra punktkällor vid Östhammarsfjärden, tillförsel via större åar och från industriell verksamhet i området kring Karlholm. De företrädesvis låga till medelhöga halter organiska miljögifter som uppmättes tyder på att det undersökta området inte var utsatt för några större punktutsläpp av dessa ämnen. Påverkan kan sannolikt därför huvudsakligen tillskrivas den allmänna diffusa kontamineringen av Östersjön. I södra Östhammarsfjärden är det dock troligt att utsläpp via det kommunala reningsverket eller andra punktkällor förklarar de jämförelsevis höga halterna av PAH.