Naturreservatet Svenska Högarna hör till de naturreservat i Stockholms län där man nu vill öka kunskapen om den marina miljön för att kunna göra en översyn och revidering av beskrivningar, föreskrifter och förvaltning.Representativt och slumpmässigt utvalda stationer inventerades med dyktransekter och bottenhugg under augusti 2006. Insamlade data användes för att genomföra modelleringar som en metod för att få fram yttäckandebeskrivningar av området. Havsområdet kring Svenska högarna är mycket fint och har generellt höga naturvärden, med kraftiga blåstångsbälten som sträcker sig ned till sjumeters djup, och artrikt rödalgsbälte. Dock lever inte de grunda vikarna upp till de förväntningar som funnits, utan uppvisar stor mänsklig påverkan och mycket fintrådiga alger och påväxt på blåstång.Svenska Högarna kan delas in i tre typer av övergripande marina habitat. Områdena på öarnas utsida är mest exponerade för vågor och generellt de djupaste. Blåstångsbältet sträcker sig ned till omkring sju meters djup, därefter kommer ett artrikt rödalgsbälte, och nedanför det oftast hårdbotten med hög täckningsgrad av blåmusslor. Områdena på öarnas västsida är skyddade från de kraftigaste vågorna. De påminner om de mer exponerade lokalerna men har mer löst sediment på bottnarna och fler mattor av lösa alger, ibland med syrefria miljöer ochsvavelbakterier som följd. Den ökade andelen grus och sand gör att vi här finner arter som havsslinke och hårsärv.De allra mest skyddade områdena ligger inne i grunda vikar. Här dominerar mjuka sedimentbottnar och bakteriehinnor är vanliga. Den högväxta blåstången är ofta övervuxen av fintrådiga alger, och borstnate kan helt dominera vissa områden. Här förekommer också kransalgen borsträfse, menockså spår av mänsklig aktivitet i form av nedskräpning och ankarmärken.Bottnarnas substrat modellerades utifrån inventeringsdatan och fysiska faktorer. Detta gjordes för att få en yttäckande kartering av substraten, underlag för klassning av bottnarna enligt EUNIS, samt för att få underlagtill biologiska modeller. Generellt kan man säga att mjukbotten förekommer på djup större än 40 m samt i de mest skyddade vikarna, medan hårdbotten dominerar ned till 5 m och sedan gradvis ersätts med ökande mängder avsand och grova sediment. För biologiska modelleringar valdes arter/företeelser som kan användas föratt bedöma naturvärden. Det råder konsensus kring att blåstångsbälten och kransalger är positiva ur naturvärdessynpunkt, medan fintrådiga alger, påväxt på blåstång, lösa algmattor och svavelbakterier är negativa. Dessa modellerades med framgång för hela Svenska Högarnas naturreservat vilket resulterade i en rad kartor. En sammanvägning av dessa kartskikt gjordes för att visa hur naturvärdeskartor kan tas fram med denna metod. Det behövsunderlagsmaterial från ett större geografiskt område inkluderande även områden med lägre naturvärden för att göra detta till en standardmetod. Alla resulterande kartskikt (griddar) har levererats till Länsstyrelsen i Stockholm och är tänkta att kunna användas vidare för planeringsändamål eller andra studier.