Flodnejonögat har minskat i hela sitt utbredningsområde och finns upptagen på bland annat Internationella naturvårdsunionen (IUCN) lista över hotade arter och inom EU:s habitatdirektiv (annex 5). I Sverige är arten upptagenpå den så kallade röda listan vilket är en förteckning över hotade djur- och växtarter i landet. På listan är den klassificerad som missgynnad. För närvarande är 34 fiskarter rödlistade. Fiskeriverket har det övergripandeansvaret för rödlistade fiskarter och ansvarar även för att ta fram så kallade åtgärdsprogram. I dagsläget finns sådana för mal, sandkrypare, nissöga, grönling, vårlekande siklöja, storskallesik och flodkräfta. Länsstyrelsernahar även ett ansvar att inom ramen för miljömålen arbeta med bevarande av hotade arter. För flodnejonögat finns ännu inget nationellt åtgärdsprogram och kunskapen om artens förekomst i Stockholms län har varit bristfällig.I den fiskevårdsplan som länsstyrelsen formulerat för åren 2007-2010 så utgör arbete med hotade arter en del och inledningsvis krävs kunskapsuppbyggnad. För att kunna genomföra adekvata skyddsåtgärder och ändamålsenligfiskevård så krävs att man vet var arten förekommer. Länsstyrelsen har därför under 2007 utfört ett länstäckande inventering av flodnejonögat. Inventeringen har genomförts av Länsstyrelsen, Skogsstyrelsens "gröna jobbare" samt Sportfiskarnas Stockholmsdistrikt.Resultatet visar att arten är relativt vanligt förekommande men att bestånden i respektive vattendrag är svaga. Den klassificering arten har på rödlistan överensstämmer därmed med statusen i Stockholms län. Vidare visade inventeringen att arten i huvudsak vandrar upp i vattendragen på våren ochinte på hösten vilket avviker från den etablerade kunskapen om arten. Hoten mot arten i länet är bland annat hydrologisk påverkan (utdikningar, sjösänkningar m.m.), fysisk påverkan på vattendragen (uträtningar, bristandeskyddszoner m.m.) samt vandringshinder. De åtgärder som rekommenderas är därmed traditionella fiskevårdåtgärder som gynnar allt akvatiskt liv i vattendragen.Inventeringen har finansierats genom landstingets miljöanslag, Naturvårdsverket (så kallade ÅGP-medel), det statliga anslaget till fiskevård (43:11) och länsstyrelsen i Stockholms län.