Stora Nassa är en populär plats att besöka för fritidsbåtar som finner många skyddade hamnar i den trånga skärgården. Det saknas dock information om hur det stora antalet besökande båtar påverkar bottenlivet i området. På uppdragav Länsstyrelsen i Stockholm genomförde Sveriges Vattenekologer AB i augusti 2007, en översiktlig undersökning av bottnarna i området med avseende på fysisk påverkan från båtlivet i form av propeller- och ankringsskador.Syftet med undersökningen var beskriva omfattning och typ avskador på bottnarna samt undersöka effekter på bottensamhällena. Fysiska skador kan orsakas av att propellrar river sönder växtligheten eller genomatt ankare skrapar rent hällar eller plöjer fåror i mjukbotten, vilket till exempel kan skada viktiga blåstångs- och ålgrässamhällen.I undersökningen inventerades fyra populära naturhamnar samt två referenslokaler i fågelskyddsområden. Fältinventeringen inkluderade översiktlig linjetaxering av dykare på totalt 20 transekter, samt videodokumentation avtransekterna. Inventeringen visade att de vanligaste arterna både i naturhamnarna och på referenslokalerna var trådslick och blåstång. Blåstång täckte hårdbottnar men var även vanlig som löslevande på flacka, mjukare bottnar, där ävenlösa alger täckte stora delar. Kärlväxtssamhället var artfattigt och glest. Ankringsskador observerades på mjukbottnar samt ler-, sand- och grusbottnar. I den hårdast drabbade naturhamnen täckte ankringsskadorna drygt tre procent av den inventerade bottenytan. I naturhamnarna var två procent av den undersökta bottenytan ankringsskadad. Skadorna var mer omfattande än på referenslokalerna i fågelskyddsområdena, där nästan inga skador noterades. Ankringsskador observerades främst på bottnar mellan 3 och 6 mdjup. Under dykinventeringen observerades inga skador på växtlighet som indikerade en fysisk påverkan från båtpropellrar. Jämförelser av artsammansättningeni bottensamhällena visade inga skillnader som kunde korreleras till förekomst av ankringsskador. Ankringsskadornas låga yttäckning samt frånvaron av tydliga förändringar i bottensamhällenas artsammansättningtyder på att påverkan av fysiska skador från båtlivet är försumbar i området. Observationerna av ankringsskador tyder på att ankring främst sker på bottnar med glesa, artfattiga kärlväxtsamhällen och mycket lösa alger, vilketförklarar den obetydliga påverkan. Löslevande blåstång skadas förmodligen inte eftersom de lösa plantorna bara flyttas åt sidorna. Områden med mer utvecklade kärlväxtsamhällen, speciellt ålgräsängar, är troligen känsligare för fysiska skador från ankring och propellrar än bottensamhällena i Stora Nassa skärgård.