Sedan 1988 har vattenkemisk provtagning genomförts i Märstaåns mynning. Med start år 2012 påbörjades inom Märstaåns vattensamverkan ett utökat samordnat uppföljningsprogram som även omfattar Märstaåns olika delgrenar. Undersökningarna har framförallt omfattat vattenkemisk provtagning och provtagning av kiselalger på fasta substrat. Resultaten visar bl.a. att näringshalterna i Märstaån har minskat sedan 1988.