Den statligt finansierade regionala miljöövervakningen under perioden 2009–2013 bestod av tio undersökningar fördelat på fem delprogram. För både sjöar och vattendrag fanns dels ett utpräglat extensivt, dels ett intensivt delprogram. Det femte delprogrammet, Övervakning av fågelskär i Mälaren, kan sägas vara en förtätning av den nationella övervakning som bedrivs inom Mälarens vattenvårdsförbund.

Miljöövervakningen har varit framgångsrik i att alstra stora mängder data av hög kvalitet till liten kostnad. Det har gjort att ekologisk status och miljökvalitetsnormer har kunnat fastställas med hög konfidens för ett stort antal sjöar och vattendrag. Framförallt har extensiva undersökningar av vattenkemi (inklusive klorofyll) i sjöar och påväxtalger samt vattenkemi i vattendrag som genomförts för detta ändamål. En brist har varit avsaknaden biologiska undersökningar i sjöar. Förhoppningen var ursprungligen att klorofylldata skulle vara ett tillräckligt mått på växtplanktons biomassa. Erfarenheterna har dock visat att klorofyll många gånger är ett för osäkert mått och en fullständig växtplanktonanalys behöver genomföras i större utsträckning under kommande programperiod.

Programmets intensiva delprogram har utgjort en regional förtätning med mer påverkade vatten än de opåverkade tidsserievatten som rymdes inom motsvarande nationella delprogram. De två delprogrammen har visserligen gett många värdefulla resultat och erfarenheter men i förhållande till det ursprungliga syftet har de inte varit tillräckligt intensiva och samordnade. Det beror till stora delar på underfinansiering och att upphandlingsregler medfört att alltför många utförare anlitats. För kommande programperiod rekommenderas därför att programmet samordnas med lokala miljöövervakningsprogram för att öka finansieringen samt att längre avtal tecknas med utförare.

Delprogrammet om inventering av mälarfågel har fungerat bra och möjliggjort populationsuppskattningar och trendanalyser av ett antal arter. Särskilt efterfrågade har resultaten som rör skarvpopulationens utveckling varit. Programmet har varit något kostsamt och tungt att administrera eftersom undersökningen är personalintensiv. För framtiden är det viktigt att sprida inventeringsresultaten bättre så att förvaltningen av naturreservat och fågelskyddsområden kan förbättras.

Totalt sett har miljöövervakningsprogrammet fungerat väl. De olika delprogrammen föreslås leva vidare under programperioden 2015–2021 om de förbättringar och modifieringar som föreslås i texten genomförs.